旗山天后宮位於清代臺灣縣羅漢外門里的蕃薯藔街，在天后宮建立之前，當地最主要的廟宇為福德祠，而最初的蕃薯藔莊則在福德祠南邊一帶。
約在1767年-1779年(乾隆32年到44年之間，福德祠對岸道路已發展成商街，使得聚落中心北移，1810年(嘉慶15年)羅漢門巡檢移駐蕃薯藔街增設下隘門後，福德祠與原蕃薯藔莊舊聚落在下隘門與溪溝的隔阻下被邊緣化。
1805年(嘉慶10年)，臺灣縣知縣薛志亮倡建天后宮，其動機可能是受到當時海盜蔡牽活動的影響，欲以宗教力量穩住民心，另外還可能再進一步希望旗山天后宮能消融族群與階層對立，更能如內埔六堆天后宮在重要時刻成為社會動員的基地。但隔年1806年(嘉慶11年)蔡牽事件即告平息，薛志亮於1807年(嘉慶12年)亦調職，不久病逝，天后宮的興建募款也隨之鬆懈。
1816年(嘉慶21年)，在吳廷棟、李大模、陳其祿先後三位巡檢與蕃薯藔街眾商號捐款下，歷經多年的募款終於完成並開始動工，於1824年(道光4年）完工落成，並留下一塊興建天后宮碑誌予以紀念。
到了，日本時期，旗山仕紳陳啟雲曾借用天后宮東廂於1927年(昭和2年)）成立悟真社以教育宣傳本土語言文化，並建有惜字亭，直到二次大戰後因功能漸失而停辦，惜字亭則變成金爐。
二次大戰後，旗山天后宮於1946年(民國35年) 進行整修，木料購自福建福州，經海運至屏東東港後再運到旗山，並聘「草賢師」施作三川殿龍虎堵泥塑與屋頂的剪黏，1951年(民國40年)成立的旗山集樂平劇研究社則借用天后宮西廂為北管練習場，東廂則為南管練習場，農曆每月初一、十五北管、南管會輪流在三川殿與正殿間的天井演奏，直到1970年代研究社才搬離天后宮。
1964年(民國53年)再次整修以因應隔年媽祖聖誕，並聘柯丁添、周義雄等人雕刻正殿神龕花罩與網目。
1975年(民國64年)整修，由吳振華承作三川殿、正殿與護龍的剪黏。
1985年(民國74年)，廟方於廟埕前建牌樓，由潘岳雄承作彩繪。
2008年(民國97年)再次整修。
2016年(民國105年)，高雄美濃地震造成牌樓裝飾震碎、掉落。
參考資料:維基百科
奉祀 ：天上聖母、境主公、註生娘娘、月下老人、文昌帝君
地址：高雄市旗山區湄洲里永福街23巷16號
創建年代：1816年(嘉慶21年)
目前建築修築年代：1946年(民國35年)
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